گروه علوم پایه شامل پنج بخش فیزیولوژی، فارماکولوژی و سم شناسی، بافت شناسی، آناتومی و جنین شناسی و بیوشیمی می باشد. تعداد اعضای هیات علمی گروه در حال حاضر سیزده نفر می­باشد که سه نفر از آنها دارای مرتبه استادی، شش نفر مرتبه دانشیاری و چهار نفر مرتبه استادیاری می­ باشند. علاوه بر آموزش دروس علوم پایه رشته دکتری عمومی دامپزشکی، با توجه به توانایی های آموزشی و پژوهشی گروه، دوره­ های تحصیلات تکمیلی شامل دوره دکتری تخصصی (PhD) در رشته­ های بافت شناسی مقایسه­ ای، آناتومی و جنین­ شناسی مقایسه­ ای و فیزیولوژی و دوره کارشناسی ارشد در رشته ­های بافت شناسی مقایسه­ ای و بیوشیمی بالینی در گروه دایر می­باشد که به طور فعالانه در هر سال دانشجو می پذیرد.

بخش آناتومی و جنین شناسی:

زمینه تحقیق در این بخش به طور عمده آناتومی مقایسه ­ای و آناتومی تکاملی حیوانات اهلی است. همچنین جنبه­ های مختلفی از بیولوژی تولیدمثل و ناباروری در این بخش تحقیق و بررسی می­ شود. در آزمایشگاه جنین شناسی، موضوع تحقیق شامل بلوغ اووسیت در آزمایشگاه، رشد و تکامل اولیه جنین، اسپرم شناسی حیوانات اهلی و آزمایشگاهی و انجماد شیشه ای جنین است. تزریق داخل سیتوپلاسمی اسپرم، انتقال جنین، اختلالات باروری تجربی، ارزیابی بیان ژن­های اختصاصی و ایمونو هیستوشیمی بافت­ های تخمدان، بیضه و جنین از دیگر موضوعات تحقیقاتی در این بخش می باشند. دوره تحصیلات تکمیلی در این بخش شامل PhD آناتومی و جنین شناسی مقایسه­ ای است. دکتر فرهاد سلطانعلی نژاد، دکتر غلامرضا نجفی و دکتر عباس احمدی اعضای هیات علمی در این بخش می باشند.

بخش بیوشیمی:

این بخش از نظر ارزیابی­ های بیوشمیایی و مولکولی نظیر بررسی بیان ژن، همکاری گسترده­ای با سایر بخش­های دانشکده دارد.  تمرکز اصلی در آزمایشگاه بیوشیمی تولید نوترکیب، تعیین خصوصیات و مهندسی آنزیم­ های دارویی به ویژه اوریکاز به کمک تکنولوژی DNA نوترکیب می ­باشد. دوره تحصیلات تکمیلی در این بخش شامل کارشناسی ارشد بیوشیمی بالینی است. دکتر مهدی ایمانی عضو هیات علمی بخش بیوشیمی می باشد.

بخش بافت شناسی:

زمینه تحقیقاتی در بخش بافت شناسی عمدتاً شامل بیولوژی تولید مثل و ساختاری و همچنین مهندسی بافت است. در این بخش اثرات  ترکیبات طبیعی و مصنوعی به صورت درون تنی و برون تنی در مدل­ های حیوانی آسیب به دستگاه تولید مثلی بررسی می شود. دوره تحصیلات تکمیلی در این بخش شامل کارشناسی ارشد بافت شناسی و PhD بافت شناسی مقایسه­ ای است. بخش بافت شناسی از نظر امکانات تحقیقاتی و آزمایشگاهی به ویژه از نظر بررسی های  ایمونوهیستوشیمی، استرئولوژیکی و کشت سلولی تجهیز شده است. پروفسور شاپور حسن زاده، پروفسور رسول شهروز، دکتر علی شالیزار جلالی و دکتر مزدک رازی اعضای علمی این بخش می باشند.

بخش فیزیولوژی

زمینه تحقیقاتی در در بخش فیزیولوژی، شامل دستگاه­ های عصبی، قلبی-عروقی و گوارشی است. با استفاده از روش­های علمی و معتبر، عملکرد اندام­ها در شرایط سلامتی و بیماری بررسی می­ گردد. این بخش به سبب پژوهش های متعدد بر روی نقش نورون­های هیستامینرژیک مرکزی در فعالیت­های بیولوژیکی و تنظیم درد به خوبی شناخته شده است. صرع، دیابت، یادگیری و حافظه از دیگر برنامه های تحقیقاتی در این بخش می­باشند. دوره تحصیلات تکمیلی در این بخش PhD فیزیولوژی دامپزشکی است. پروفسور اسماعیل­ تمدن­فرد، دکتر سعید نفیسی و دکتر امیر عرفان پرست اعضای هیات علمی در این بخش می باشند.

بخش فارماکولوژی و سم شناسی

در این بخش تحقیقات پایه در زمینه فارماکولوژی و سم شناسی مولکولی، سرطان­زایی، سم­ شناسی مواد غذایی و ارزیابی ­های فارماکولوژی و سم شناسی به صورت درون تنی و برون تنی انجام می­ پذیرد. این بخش بخوبی از نظر تحقیق در زمینه فارماکولوژی و سم شناسی  تجهیز شده است. دکتر الهام زاده هاشم و دکتر آرش علیزاده اعضای هیات علمی در این بخش می باشند.